Carnes
Los microorganismos alterantes crecen rápidamente en la carne, por ello es un alimento muy perecedero. La carne puede transmitir a los consumidores los microorganismos causantes de toxiinfecciones alimentarias, entre los que figuran están: Salmonella spp., E. coli enterohemorrágico, Yersinia enterocolitica, Campylobacter jejuni, Staphylococcus aureurs, Listeria monocytogenes, Clostridium perfingens, Cl. Botulinum y Bacillus cereus. También se alteran debido a una serie de microorganismos deteriorantes como Pseudonomas spp., Shewanella, Enterobacteriaceae, Brochothrix thermosphacta, bacterias lácticas, levaduras y mohos.

Productos derivados de aves
Moraxella constituye la principal causa de alteración en productos a base de aves frescas. También pueden encontrarse gran número de enterococos ya que poseen resistencia a la irradiación. En productos envasados en anaerobiosis, las bacterias acidolácticas pueden ser causa de alteración.

Hortalizas
Los microorganismos presentes en las hortalizas frescas vienen de la tierra, del aire y del agua. Las pseudomonas y Erwinia carotovora son responsables en gran parte de la
alteración bacteriana de las hortalizas. Otros saprofitos incluyen corineformes, bacterias acidófilas, esoirigenos, coliformes y micrococos. De las levaduras, tienden a predominar Rhodotorula spp., Candida spp., y Kloeckera apiculata. Con frecuencia hay presencia de hongos, que incluyen a Sclerotinia spp., Botrytis cinérea, Aureobasidium pullulans, Fusarium spp. y Alternaria spp., pero en menores cantidades que las bacterias.

Frutas
Los mecanismos de defensa son sumamente eficaces contra casi todos los hongos. Solo algunos géneros son capaces de invadir un determinado tipo de fruta y provocar pérdidas graves.

Huevo de gallina
El ambiente de producción representa un origen importante de los microorganismos existentes en la superficie de los huevos. Este incluye el contacto con heces, el material de los nidales, el polvo, las materias primas de los piensos, los envases para el envió y almacenaje, los seres humanos y otras criaturas. En el ambiente de las instalaciones de producción de huevos y en la superficie, ha sido aislado un grupo diverso de serovariedades de Salmonella, que incluye S. agona, S. typhimurium, S. infantis, S. derby, S. Heidelberg, S. california, S. Montevideo y S. Mbandaka.

Harinas
El género predominante es el Citrobacter (Paracolobactrum). Los microorganismos en las harinas secas mueren lentamente durante el almacenamiento prolongado. Después de envasada, transportada y almacenada, los niveles de contaminación son unos cientos o escasos miles de bacterias y esporas fúngicas. Los mohos en las harinas elaboradas son principalmente especies de Eurotium y Asp. candidus. Los géneros de levaduras que se detectan en las harinas, demostrando la importancia del molino como fuente de contaminación. Las levaduras adquieren importancia solo cuando las harinas se humedecen.